Niespotykane walory ziemi pienińskiej zauważono już w XIX wieku. Podziw dla jej piękna zrodził myśl o konieczności objęcia ochroną najcenniejszych fragmentów pienińskiego krajobrazu aby uchronić go przed dalszym przekształcaniem. Już w 1921 r. z ust przewodniczącego Państwowej Komisji Ochrony Przyrody prof. Władysława Szafera padła pierwsza oficjalna wypowiedź, o konieczności utworzenia w Pieninach parku przyrody: Początkowa akcja zmierzała do ochrony łąk wokół czorsztyńskiej warowni. Przyniosła ona pełny sukces, gdy 14 marca 1921 r. ówczesny właściciel, Stanisław Drohojowski zadeklarował utworzenie rezerwatu zupełnego na czorsztyńskiej górze zamkowej. Był to pierwszy rezerwat na terenie Pienin, pierwszy bardzo skromny zaczątek przyszłego parku narodowego. Kolejnym impulsem był podpisany między Polską a Czechosłowacją tzw.: "Protokół krakowski", w którym oba państwa zobowiązały się do tworzenia pogranicznych parków narodowych. Długie i żmudne prace trwały jeszcze kilka lat. Ich ukoronowaniem było rozporządzenie Ministra Rolnictwa z 23 maja 1932 r. o utworzeniu jednostki szczególnej Lasów Państwowych pod nazwą "Park Narodowy w Pieninach". Wkrótce potem 17 lipca 1932 r. odbyła się w Czerwonym Klasztorze uroczystość proklamowania Słowackiego Rezerwatu Przyrodniczego w Pieninach, utworzonego zarządzeniem Czechosłowackiego Ministra Rolnictwa. Równocześnie powołano do życia pierwszy pograniczny park narodowy w Europie.

Po przerwie spowodowanej II Wojną Światową de 1948 r. Pieniński Park Narodowy po polskiej stronie, istniał jako samodzielne leśnictwo w Nadleśnictwie Krościenko n/D, a następnie do końca 1954 r. jako samodzielna jednostka organizacyjna Lasbw Państwowych. Kolejną podstawą prawną istnienia Parku było rozporządzenie Rady Ministrów z 30 października 1954 r. o utworzeniu z dniem 1 stycznia 1955 r. Pienińskiego Parku Narodowego (w skrócie PPN). Aktualnie PPN funkcjonuje w oparciu o Rozporządzenie Rady Ministrów z 14 maja 1996 r. i obejmuje po polskiej stronie 2346 ha pienińskiej ziemi. Słowacki rezerwat przyrodniczy wskrzeszono po wojnie w 1958 r. i oddano w zarząd kierownictwu Tátranskeho Národneho Parku. Dopiero 16 stycznia 1967 r. decyzją Słowackiej Rady Narodowej utworzony został Pieninský Národny Park (w skrócie PiENAP). Aktualnie PIENAP funkcjonuje w oparciu o Rozporządzenie Rządu Republiki Słowackiej z 14 stycznia 1997 r, i zawiera w swoich granicach 3749,6 ha. Łącznie cały pograniczny park narodowy w Pieninach zajmuje obecnie 6095,76 ha powierzchni.