Początki miejscowości, której nazwę należy wiązać z kwaśnymi źródłami mineralnymi, zwanymi przez górali szczawami, nie są znane. Wiadomo, że już w połowie XIV w. istnieje w Szczawnicy parafia. W owym czasie osada należała do starostwa czorsztyńskiego. W 1413 r. znajdujemy w źródłach wzmiankę o Abrahamie Czarnym z Goszyc, który w zamian za pożyczkę udzieloną królowi otrzymuje w zastaw starostwo czorsztyńskie. Przy okazji tego zapisu wymieniane są Szczawnice: Wyżnia i Niżnia. Jan Długosz w Liber beneficiorum (1475 r.) wspomina miejscowość używając określenia Szczawnica magm - duża.

Szczawnica była parafią do 1529 r., kiedy to biskup krakowski Piotr Tomicki afiliował ją do parafii w Krościenku. Mimo to, na miejscu zniszczonego murowanego kościółka szczawnickiego, w 1550 r. wybudowano drewnianą, krytą gontem świątynię. Znajdował się w niej rzeźbiony tryptyk z XIV/XV w. przedstawiający Matkę Boską w otoczeniu czterech świętych. Środkowa część owego tryptyku, którego skrzydła uległy zniszczeniu znajduje się obecnie w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie. Drewniany kościółek służył wiernym, stając się w 1870 r. kościołem parafialnym, do czasu zbudowania obecnej świątyni (1892 r.).

W XVI w. w Szczawnicy istniało sołectwo i wybraniectwo urząd etatowego żołnierza, zwolnionego z obciążeń wobec starosty czorsztyńskiego w zamian za służbę. Źródła wspominają konflikt wybrańca szczawnickiego Pawła Fleszara z starostą czorsztyńskim Łękawskim. Fleszar ośmielił się odmówić spełnienia obowiązków pańszczyźnianych żem jest wolny od wszelkich czynów i robót, bo służę Rzeczypospolitej i wyprawiłem się na wojnę. Starosta wtrącił śmiałka do lochu, prżez co ten został w tarasie zamku czorsztinskiego na śmierć zamrożon.

W XVIII w. Szczawnica ucierpiała z powodu pobytów wojsk i potyczek toczonych w okolicy. W 1706 r. w okresie III wojny północnej miały tu miejsce walki między wojskami rosyjskimi i wojskami starosty Lubomirskiego z Lubowli. W latach 1735/36 na terenie miejscowości stacjonowałyoddziały kozaków przeciwnych wybranemu w elekcji królowi Stanisławowi Leszczyńskiemu. W latach 1768-70 w okolicach potyczki toczyli Konfederaci Barscy pod wodzą Beniowskiego. Wreszcie w 1769 r. pod pozorem utworzenia kordonu sanitarnego mającego bronić Węgry przed zarazą, wojska austriackie Marii Teresy zajęły cały Spisz i Ziemię Sądecką dając tym początek pierwszemu rozbiorowi Polski. Szczawnica należała nadal do starostwa czorsztyńskiego. Dopiero w 1811 r., po śmierci żony ostatniego starosty Józefa na Potoku Potockiego (zm. 1797), władze austriackie zlikwidowały starostwo przejmując jego dobra i tworząc tzw. Kamerę. Urząd Kameralny znajdował się początkowo w Nowym Targu, później przeniesiono go do Kamienicy. Obszar byłego starostwa czorsztyńskiego rozpadł się wówczas na 3 „dominia" szczawnickie, krościeńskie i czorsztyńskie, a znaczna część ziem szczawnickich dostała się w ręce chłopskie.

Burzliwy rozwój Szczawnicy rozpoczął się w XIX w. i związany był z leczniczymi właściwościami tutejszych szczaw. Pierwszej analizy wody szczawnickiej (późniejszej „Józefiny") dokonał w 1810 r. dr Rhodius z Krakowa. Około 1816 r. bezimienne jeszcze źródło znalazło się w posiadaniu szczawnickiego sołtysa Józefa Zachwieji, zwanego Józiopankiem, który zawarł kontrakt z Urzędem Kameralnym w Kamienicy na napełnianie butelek wodą, i ich wysyłkę. z tego właśnie źródła. 21 sierpnia 1820 r. Józef Zachwieja sprzedał źródło mieszczaninowi z Gniazd na Spiszu, Janowi Kutscherze. Nowy właściciel wzniósł pierwsze, skromne jeszcze, zabudowania zdrojowe przy górnym (późniejsza „Józefina") i dolnym (późniejszy „Szymon") źródle. Postawił także dwa domy dla kuracjuszy oraz wzniósł pierwszy dom zdrojowy zwany „Za potokiem" na miejscu, gdzie dziś stoi „Pałac" (siedziba Muzeum Pienińskiego). W 1824 r. założył park zdrojowy (dzisiejszy Park Górny). W 1828 roku dobra szczawnickie za pośrednictwem Jana Podhajeckiego nabyła Józefina Szalay w tym też roku odkupiła ona od Kutschery źródła i zabudowania zdrojowe. Józefina i jej mąż Stefan Szalay postanowili ze Szczawnicy uczynić uzdrowisko podobne do znanych im „badów". Wznieśli duży budynek zwany Zamkiem oraz klasycystyczną altanę zdrojową, stojącą na miejscu dzisiejszego „Domu nad zdrojami"; powiększyli park. Nazwali także swo imi imionami główne szczawnickie zdroje. Właściwym jednak twórcą uzdrowiska był ich syn, Józef Stefan Szalay, który zarząd dobrami przejął w 1839 r. i rozpoczął okres szybkiej rozbudowy uzdrowiska. Budowa kurortu na europejskim poziomie stała się największą pasją życia Józefa Stefana. Z jego inicjatywy zbudowano kaplicę zakładową, pierwsze łazienki, restaurację, będące do dziś wzorem polskiego budownictwa uzdrowiskowego urocze pensjonaty. Dbał też 0 oprawę architektoniczną odkry tych źródeł - „Magdaleny", „Jana", „Szymona", „Waleni", „Heleny" i „Anieli" (ostatnie trzy wyczerpane). Rozszerzył i unowocześnił Górny Park Zdrojowy, pobudował kryte chodniki dla ochrony spacerujących kuracjuszy przed deszczem. Zaczął też zasklepiać Szczawny Potok (inwestycję tę zakończono dopiero blisko sto lat po jego śmierci).

Szalay zabiegał wszędzie o reklamę uzdrowiska. Zaktywizował miejscowych górali, namalował pierwsze godła rodów szczawnickich. Doceniając rolę turystyki wydał pierwszy przewodnik po Szczawnicy oraz Album Szczawnicki z własnymi rysunkami z Pienin i zdroju. Organizował pierwsze pokazowe spływy przełomem Dunajca. Zapraszał do Szczawnicy uczonych i lekarzy, chemikom zlecał analizę nowo odkrywanych źródeł. Przyjaźnił się z wielkim polskim balneologiem Józefem Dietlem, który tak opisał ówczesne zdrojowisko: Szczawnica pomiędzy zdrojowiskami Galicji pierwsze zajmuje miejsce. Pierwszeństwo to zjednała sobie niezrównanie pięknym położeniem, doświadczoną skutecznością wód i niezmordowaną gorliwością właściciela dla jej wzrostu i upiększenia. Śmiało rzec można, iż ona należy do małej liczby zdrojowisk ojczystych, których sława poza granicą kraju jest rozgłośną.

I rzeczywiście Szczawnica stała się popularnym letniskiem arystokracji i sfer artystycznych. Bywali tu m.in.: Cyprian Kamil Norwid, Ignacy Józef Kraszewski, Adam Asnyk, Michał Bałucki, Henryk Sienkiewicz, Maria Konopnicka, Bolesław Prus, Lucjan Siemieński, Jan Matejko, Wojciech Gerson, Wincenty Pol, Ludwik Zejszner. Około 1860 r. frekwencja wynosiła 1200 osób w ciągu sezonu.

W 1860 r. Józef Szalay wydzierżawił Spółce Zdrojowisk Krajowych na okres 50 lat teren Miedziusia ze zdrojami „Szymon", „Helena" i „Aniela", z zaleceniem utworzenia Dolnego Zakładu Zdrojowego. Spółka zarządzała Zakładem do 1865 r. W tym okresie założono Park Dolny i wzniesiono kilka domów dla kuracjuszy. Po 1865 r. Spółka wydzierżawiła Dolny Zakład prywatnym dzierżawcom, kolejno: Teodorowi Baranowskiemu i Franciszkowi Tomankowi, Tomankowej wraz z synem oraz dr. Józefowi Kołączkowskiemu. Dzięki temu ostatniemu w latach 1888-1909 powstał Zakład Wodoleczniczy.

W 1876 r. umarł Józef Stefan Szalay. Zgodnie z testamentem Zakłady Zdrojowe w Szczawnicy przeszły na własność Akademii Umiejętności w Krakowie - z zastrzeżeniem obowiązku wypłacania przez Akademię połowy czystego dochodu z Zakładu dwóm synom Józefa, Tytusowi i Władysławowi. Akademia została posiadaczem jedynie Zakładów Zdrojowych bez szczawnickich dóbr tabularnych, które mocą testamentu należały do synów Józefa. Ograniczyło to dochody i zahamowało inwestycje w uzdrowisku. Wybudowano jednak „Dworzec Gościnny" i dokończono rozpoczętą przez Szalaya budowę Drogi Pienińskiej do Czerwonego Klasztoru.

W 1893 r. Akademia Umiejętności wydzierżawiła uzdrowisko (Górny Zakład) Feliksowi Wiśniewskiemu. Rozpoczął się okres stagnacji i ubożenia kurortu. Dzierżawa wygasła w 1909 r. i w tym samym roku Akademia sprzedała zakład w Szczawnicy hrabiemu Adamowi Stadnickiemu, właścicielowi dóbr klucza nawojowskiego. Rok później upłynął termin dzierżawy Dolnego Zakładu Zdrojowego i od tego momentu oba zakłady znalazły się znów w rękach jednego właściciela.

Działalność Stadnickiego, przypadająca w zasadzie na okres międzywojenny przyniosła ponowny rozwój uzdrowiska. Wyremontowano wtedy większość domów zdrojowych, zbudowano nowe ujęcia wód, rozszerzono Park Górny o teren Połonin. W latach 1933-36 wybudowano nowoczesne Inhalatorium wyposażone w pierwsze w Polsce komory pneumatyczne. Poważną inwestycją lat trzydziestych była też budowa komfortowego sanatorium „Modrzewie" oraz przeprowadzenie kanalizacji uzdrowiska. Rozpoczęto też elektryfikację stawiając w 1935 r. elektrownię. Szczawnica znów stała się popularnym kurortem. Mimo konkurencji pobliskiej Krynicy, frekwencja wynosiła 5000-10000 gości w ciągu roku. Ambitne plany Stadnickiego pokrzyżował wybuch II wojny światowej. Podczas okupacji w Szczawnicy działały placówki gestapo i grenzschutzu (straży granicznej) oraz policji kryminalnej, istniała szkoła niemieckiej żandarmerii. Mimo to miejscowość była drugim co do znaczenia, po Zakopanem, punktem przerzutów przez granicę kurierów zdążających na Węgry. Około 50 szczawniczan zginęło w obozach, więzieniach i podczas działań partyzanckich. Społeczność żydowska, zamieszkująca centrum Szczawnicy (ok. 300 osób) uległa eksterminacji.

Pierwszy sezon zorganizowano zaraz po wyzwoleniu w 1945 r. 18 marca 1948 r. na podstawie zarządzenia Ministra Zdrowia, Uzdrowisko Szczawnica upaństwowiono. W komunistycznej rzeczywistości miast niewielkich pensjonatów rozpoczęto budowę dużych, brzydkich architektonicznie sanatoriów pozostających w gestii związków zawodowych bądź zakładów pracy. 4 pawilony prewentorium górniczego oddano do użytku w 1949 r., sanatorium „Hutnik" w 1960. W latach siedemdziesiątych wybudowano sanatoria „ZNP", „Papiernik" i „Budowlani", a w osiemdziesiątych „Dzwonkówka" i „Nawigator". Jednocześnie zaniedbywano konserwacji starej zabudowy, co spowodowało zniknięcie z krajobrazu Szczawnicy pensjonatu „Sobieski", czy obecną ruinę „Litwinki".

22 lipca 1962 roku Szczawnica otrzymała prawa miejskie. W 1973 roku w ramach radosnej twórczości administracyjnej połączono ją w jeden organizm miejski z Krościenkiem. Eksperyment ten spowodował jedynie zwiększenie wzajemnej niechęci mieszkańców obu miejscowości. Od 1982 roku Szczawnica ponownie jest samodzielnym miastem. Lata dziewięćdziesiąte przyniosły ograniczenie lecznictwa uzdrowiskowego w Polsce. Szczawnica jest w trakcie przekwalifikowania - coraz mniej jest uzdrowiskiem, a coraz bardziej wykorzystuje swój najważniejszy atut czyli położenie. W 1993 roku uruchomiono kolejkę krzesełkową na Palenkę. W następnych latach przygotowano trasy narciarskie, powstał wyciąg na Szafranówkę, latem działa zjeżdżalnia wózkowa. Wykorzystano nadgraniczne położenie miejscowości. Uruchomienie przejścia granicznego na drodze pienińskiej przybliżyło kuracjuszom i turystom miejscowości na Słowacji. Otwarcie w 1999 roku przejść granicznych na szlakach turystycznych stworzyło nowe możliwości wycieczkowe dla turystów pieszych.